Desa Puton terletak di sebelah selatan kantor Kecamatan Diwek dan berbatasan dengan wilayah Kecamatan Gudo serta wilayah Kecamatan Ngoro. Jarak antara kantor Kecamatan dengan Desa Puton ± 5 km dan jarak Desa dengan Kabupaten ± 12 km. Desa Puton merupakan suatu dataran dengan ketinggian ± 50 mdpl, yang terbagi menjadi 4 dukuhan dengan luas areal pertanian 124 Ha, dengan batas-batas:
- Sebelah utara Desa Kayangan, Kec.Diwek
- Sebelah barat Desa Blimbing, Kec. Gudo
- Sebelah selatan Desa Sidowareg, Kec. Ngoro
- Sebelah timur Desa Sugihwaras, Kec. Ngoro
Luas lahan persawahan/pertanian di Desa Puton adalah 124 Ha. Curah hujan dengan bulan hujan 5 bulan dan bersuhu 29-33 0C.